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• Patrizi, Francesco
  Città del Vaticano, Archivio della Congregazione per la Dottrina della Fede
  Archivio della Congregazione dell’Indice, Protocolli XIV O
  Autografe le cc. 376r-379r: Emendatio in libros suos Novae Philosophiae.
• Patrizi, Francesco
  Città del Vaticano, Biblioteca Apostolica Vaticana
  Barb. Gr. 168
  Adversaria, quibus titulus Τά του Ζωροάστρου in 10 sectiones distincta.
• Patrizi, Francesco
  Città del Vaticano, Biblioteca Apostolica Vaticana
  Barb. Gr. 179
  Excerpta varia latinis et graecis de magicis eloquiis et alia.
• Patrizi, Francesco
  Città del Vaticano, Biblioteca Apostolica Vaticana
  Barb. Gr. 180
  De humana philosophia (1591-1592).
• Patrizi, Francesco
  Città del Vaticano, Biblioteca Apostolica Vaticana
  Barb. Gr. 211
  Schedature frammentarie di carattere storico-politico riunite sotto il titolo di Adversaria, h.e. sententiae tam graecae quam latinae necnon italicae ordine alphabetico d...
• Patrizi, Francesco
  Città del Vaticano, Biblioteca Apostolica Vaticana
  Barb. Lat. 318
  Alle cc. 1r-14v: Declarationes Francisci Patricii in quaedam novae suae philosophiae loca obscuriora, «aggiunte e firma autografe» secondo Firpo.
• Patrizi, Francesco
  Milano, Biblioteca Ambrosiana
  A 112 sup.
  Trascrizione di Procli Diadochi Platonis Institutio teologica.
• Patrizi, Francesco
  Milano, Biblioteca Ambrosiana
  A 171 inf.
  Alla c. 30r: nota di mano del Patrizi al margine di estratti Ex Proclo Diadocho (cc. 11r-30r) copiati da Camillo Veneto: «Videtur comentarium in Parmenidem liber VII. qui...
• Patrizi, Francesco
  Milano, Biblioteca Ambrosiana
  C 79 inf.
  Olympiodorus Scholia in Platonis Philebum; Gorgiam; Phaedonem: «Sul codice si rilevano le date "1591 18 9bre" e "1591 14 feb." scritte di mano del Patrizi».
• Patrizi, Francesco
  Milano, Biblioteca Ambrosiana
  D 285 inf.
  Trascrizione di Procli Lycii Diadochi In primum Platonis Alcibiadem.
• Patrizi, Francesco
  Milano, Biblioteca Ambrosiana
  H 180 inf.
  Autografe le cc. 142r-172r: De numerorum mysteriis opusculum.
• Patrizi, Francesco
  Milano, Biblioteca Ambrosiana
  I 231 inf.
  Autografe le cc. 201r-202v: Paradoxa poetica e lectionibus in Platonis Rempublicam.
• Patrizi, Francesco
  Milano, Biblioteca Ambrosiana
  R 106 sup.
  Autografo a c. 282r-v: Paradoxa poetica Aristoteli tributa.
• Patrizi, Francesco
  Milano, Biblioteca Ambrosiana
  T 113 sup.
  Alla c. 1033: estratti dal Suida con note su Giamblico e Damascio e nota autografa «finito di vedere adi 11 giugno 1589».
• Patrizi, Francesco
  Milano, Biblioteca Ambrosiana
  T 113 sup.
  Trascrizione di Damasci philosophi Dubitationes et solutiones de primis principiis(copiato in parte da Patrizi, in parte da Camillo Veneto).
• Patrizi, Francesco
  Parma, Biblioteca Palatina
  Pal. 665
  Appunti (Francisci Patrici Quartae Philosophiae Panaugiae primus de luce primaeva, con correzioni e aggiunte autografe); note sulla censura, a Clemente VIII, cc. 39r-44r;...
• Patrizi, Francesco
  Parma, Biblioteca Palatina
  Pal. 665, cc. 44r-49v
  Trascrizione di [B. Giustiniani] Admonitio in Novam Francisci Patricii Philosophiam, copiato e paragrafato da Patrizi.

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