Appunti (Francisci Patrici Quartae Philosophiae Panaugiae primus de luce primaeva, con correzioni e aggiunte autografe); note sulla censura, a Clemente VIII, cc. 39r-44r; prefazione a Clemente VIII, cc. 92r-94r; minuta al papa (1595?), c. 173v; elenchi di proposizioni eretiche, cc. 196r-201r; Pampsychiae Liber quartus De una anima, cc. 33r-38r; Primae philosophiae Liber primus De principiis, cc. 50r-68r; Declarationes Francisci Patricii in quaedam novae suae philosophiae loca obscuriora, cc. 97r-119r; Francisci Patricii locorum quorundam in nova sua philosophia obscuriorum declarationes, cc. 121r-130r; Francisci Patricii novae suae philosophiae consilium ac scopus et locorum quorundam obscuriorum declarationes, cc. 131r-169r; Apologia (frammenti), cc. 191r-192r.